A história continua.Kratos,como novo Deus da Guerra,auxilia Esparta em prejuizo das demais cidades que adoram outros deuses,Atenalhe adverte para as consequencias de seus atos,mas Kratos a ignora. Após Kratos descer do Olimpo para ajudar seus guerreiros espartanos a destruir a cidade de Rodes (onde se encontrava uma das sete maravilhas do mundo antigo, o Colosso de Rodes), Zeus, transformado em passaro e sem escolhas, retira pouco do poder de Kratos e o deposita em uma estátua gigante (o Colosso de Rodes),como punição por Kratos haver desobedecido Atena. Kratos, com muita raiva e acreditando ser Atena a responsável , vai em busca de derrotar o Colosso para provar para os Deuses do Olimpo que ele merece ser um deus. Nisso, Zeus, num aperente gesto de generosidade, oferece a Kratos uma incrível arma usada na guerra contra os titãs, The Blade Of Olimpus (A Espada do Olimpo). Somente com ela Kratos conseguiria derrotar o Colosso. Este, ao ser derrotado pelo Espartano,a mão de Rodes cai em cima de Kratos, quebrando sua Armadura de Deus. Então, Kratos muito fraco e percebendo que, ao depositar o que restava de seus poderes divinos na arma Sagrada do Olimpo havia retirado toda a sua divindade, é surpreendido por Zeus, que revela que fora ele quem jogou os poderes do guerrreiro ao Colosso e o mata com a Blade of Olimpus dizendo que o ciclo terminaria ali... Então após Zeus ir embora com a Blade of Olimpus, mãos infernais levam o corpo de Kratos para as profundezas do inferno. Então Kratos ainda "meio morto" começa a ter alucinações, de várias pessoas dizendo para ele resistir. É Gaia, a mãe dos Titãns, que fala para Kratos se vingar dos deuses por eles, encontrando as 3 Sisters of Fate (Irmãs do Destino) e revertendo o passado. Nisso, Gaia cura Kratos, que sobe de volta para onde Zeus o matara, e pronto para seguir, com o apoio dos Titans, o caminho de seu destino "a bordo" do Pégasus, o cavalo alado.
Kratos monta no Pégasus e voa em direção ao templo das Sisters of Fate. Na metade do caminho, Kratos é derrubado por um inimigo que voava em um grifo então Kratos recupera o equilíbrio e voa para dentro de uma caverna, a caverna de Tifão, Titã dos Ventos. Em uma das mãos de Tifão, estava acorrentadoPrometeu, imortal destinado a ser consumido todos os dias por um pássaro por ter roubado o fogo do Olimpo e dado aos mortais. Prometeu pede para que Kratos mate ele na fogueira que estava ali em baixo, mas ao tentar arrebentar as correntes, Prometeu fica pendurado pelo pescoço sobre o fogo do Olimpo. Kratos vai em busca do Titã Tifão que diz não querer ajudar Kratos, mas mesmo assim Kratos pula no olho de Tifão e arranca um arco mágico, The Tiphon's Bane. Então ele usa o arco para arrebentar a corrente que segurava Prometeu, que cai no fogo do Olimpo e finalmente morre. As cinzas de Prometeu dão a Kratos um novo poder, The Rage of the Titans (A Raiva dos Titãs). Kratos pega seu pégasus e voa novamente em direção ao templo das irmãs do destino.
Mas não só Kratos desejava ver as irmãs. No templo (ilha), o espartano encontra Teseu, que matou oMinotauro de Creta, Perseu, outro herói Grego e Ícaro, que na tentativa de deter Kratos se joga com ele em direção ao Submundo. Porém o que ocorre é que Ícaro acaba perdendo suas asas para Kratos, que estabiliza-se a ponto de evitar o inferno mas não um reencontro com Atlas, a quem (no jogo Chains of Olympus)aprisionara no tormento de carregar o mundo em suas costas. Porém agora Kratos estava com Gaia e os Titãs, e Atlas logo se lembra da poderosa arma (Blade of Olimpus) que Zeus usou para vence-los, por isso "emerge" Kratos de volta à superfície e o ajuda cedendo-lhe a magia "Atlas Quake", uma magia mortal capaz de causar terremotos devastadores, matando facilmente seus inimigos
Depois de progredir um pouco em sua jornada, alcançando o "The Palace of The Fates" (Palácio dos Destinos, onde residem as irmãs do tempo), Kratos descobre que Esparta fora arrasada por Zeus e por isso perde as esperanças, acreditando que jamais venceria Zeus. Porém, motivado por Gaia, segue seu caminho e enfim encontra as irmãs do tempo, uma a uma. Primeiramente, surge de seu trono Lahkesis, arrogante, garante que Kratos não conseguirá alterar seu destino. Após um primeiro confronto, surgeAtropos, a segunda irmã, que leva o herói ao final do primeiro game, quando Kratos está prestes a usar a espada do "Temple of Oracle" para derrotar Ares. Na tentativa de destruir a espada, e assim a última chance de kratos de destruir o deus da guerra, Atropos é facilmente derrotada, o mesmo ocorre com Lahkesis.
Depois de acabar com as duas primeiras irmãs, Kratos se depara com a terceira: Um monstro disforme com muitos seios e braços mortais. Dela, o espartano ganha um aviso: se ele persistisse com suas ações, destruiria todo o existente. Kratos não dá ouvidos a Clotho (nome da terceira irmã) e acaba por elimina-la também. Ao acabar com as três irmãs do tempo, Kratos passa a ter poder sobre este, possibilitando que ele volte ao exato momento em que Zeus o matava para tomar-lhe a espada (Blade of Olimpus) e iniciar um cronfronto mortal: o deus dos deuses fora desafiado.
Após muito lutar, Zeus lança uma tempestade de raios sobre Kratos, que finge entregar-se, mas aproveitando-se de um descuido da divindade, contra golpeia brutalmente e prepara-se para desferir o golpe final com a sagrada espada. Nesse momento surge Atena, que para proteger seu pai lança-se entre ele e Kratos, que não pode evitar de impala-la e assim matar mais uma divindade, enquanto Zeus fugia ainda vivo.
Antes de morrer, Atena explica que fez aquilo pois se Zeus caísse, também todo o Olimpo cairia e seria este o fim dos deuses. Também disse que o pai que Kratos nunca conhecera era Zeus e que este temia que, assim como fizera com Cronos, Kratos tomasse seu lugar no Monte Olimpo.
Furioso por ter matado a única divindade pela qual nutria algum carinho e em posse da arma mais poderosa do universo (Blade of Olimpus), Kratos parte com os titans rumo ao Olimpo para pôr fim a era dos deuses.
